兩千多萬年前,長江上游的地殼發生過強烈運動。在高溫與高壓的作用下,岩漿同有機物、無機物混合,形成了各種顏色的岩石。經過長期的風化作用和長江流水的磨洗以及相互衝撞摩擦,這些石頭便成了光滑小巧的雨花石。這些石子沉積於江底,越積越多,以致江道淤塞,江水改道流向大海,南京便成了陸地。這就是南京有雨花石的原因。