赤潮發生的主要原因是環境汙染,這是大多數科學家所持的觀點。工業汙水、生活汙水大量排放流入海洋,就會使海洋中的磷、氮等營養鹽和鐵、錳等微量元素及一些有機化合物含量迅速上升,就會出現 富營養化 現象。營養物質過多會使藻類、鞭毛蟲細胞能產生3300萬隻鞭毛蟲,一滴海水中可滋生6000個。這種爆炸性的繁殖,就會使得當這些赤潮生物大量死亡後,海水被 染 紅。當出現赤潮時,海洋中的魚類會大批死亡,這是因缺氧窒息造成的。浮游生物大量繁殖或死後分解,海水中大量的深解氧被消耗掉,水中的氧氣少了,魚和貝類就會處於缺氧狀態。另外的一個原因是,一些赤潮生物如鞭毛蟲,會在水中放毒,魚類等生物會因中毒而死亡。